「人事院月報」2021年11月号に、清水 唯一朗・慶應義塾大学総合政策学部教授の「魅力ある公務に進化するために」が載っています。そこに、次のような指摘があります。

・・・他方、政官関係の構造が大きく変化した中央省庁再編から二〇年が過ぎた。それ以後に採用された公務員は全体の四割に及ぶ。 つまり、 半数近い公務員が、 上から降ってくる案件を打ち返す、省庁再編後に顕著となった受身の政治―行政関係のなかで育ってきたことになる。それ以前に採用された者も、キャリアの大半をこの時代のなかで過ごしてきた。
主体性のなくなった組織ほど、苦しいものはない。シュリンクした地方銀行が主体性を失い、その存在意義を問われるまで追い込まれたように（橋本、二〇一六） 、公務も主体性を失い、されるがままに迷走を続けるのだろうか・・・

また、次のような記述もあります。
・・・現在広く定着している二年単位での異動の淵源について、同僚に尋ねられて調べたことがある。それは日清戦争のとき、つまり今から一二五年前に作られた制度であった（小熊、二〇一九） 。
しかも、 驚くべきことはその理由である。当初は五年を昇進・異動の目途としていたのが、日清戦争による業務量の爆発的な拡大に合わせて行政機構を拡大したため、昇進を早める必要が生じた。その結果、五年から三年、二年と短縮された。もちろん、一度短くしたものが再び長くはならない。
それから長い年月が経った。非常事態の行政需要に対応するための緊急避難策であったはずの二年ルールがなぜか命脈を保っている・・・

私も常々、公務員の短期異動を疑問に思い、改善を主張しています。かつては、上級職はさまざまな仕事を経験させて幹部にする、他方でその他の職員は特定の場所で専門家に育てるという方針があったのだと考えていました。しかし、2年程度で異動を繰り返していては、専門性を持たない職員が育ちます。この点は、民間企業の人たちが不思議に思う点です。その起源が明治時代の緊急措置であったとは、知りませんでした。小熊先生の本も読んでいたのですが。

改めて探してみると、小熊英二著『日本社会のしくみ』(2019年、講談社現代新書)の288ページに出ていました。ただしそこには、高等官の給与制度が理由として挙げられています。
1886年の高等官等俸給令では、5年以上勤務しなければ、より上位の官に昇進できないことを定めていました。その後3年に緩和された後、1895年の改正で2年になりました。背景には、日清戦争による行政の拡大と、帝大卒業生の無試験特権回復を求めての試験ボイコットがありその待遇改善のためと書かれています。
現在では、給与と異動とは連動していないので、この理由では説明できません。

若手官僚が、「このままでは技能を磨くことができない」と嘆く一方で、定期異動の時期になるとそわそわし、異動を望むのでは、技能を磨くことはできません。